Comme vous surement vous avez pu trouver la documentation officiel pour faire cette modification dans le plugin WordPress Polylang.
Cependant en Français et mieux expliqué ça donne quoi ?
Vous devez créer un répertoire nommé « polylang » dans le répertoire « wp-content » de WordPress, puis uploader vos images nommées correctement.
Exemple pour le flag Français fr_FR.png ou fr_FR.jpg
Ensuite il faut mettre à jour les réglages de la langue concernée (même sans rien modifier) pour que le plugin prends en compte cette ajout.
Aussi pour ma part je vous conseille de créer un fichier index.php vide pour des raisons de sécurité dans ce nouveau répertoire.